163 ورقة بحثية
تُعد خوارزمية FASTERCC خوارزمية جديدة أسرع بشكل ملحوظ، حيث تعمل على تسريع اختبار اتساق التدفق وإعادة بناء الشبكة الأيضية الخاصة بالسياق من خلال الاستفادة من المعلومات الهيكلية لمعالجة وتطهير النماذج واسعة النطاق مسبقاً، مما يقلل أوقات الحوسبة بما يصل إلى 20 ضعفاً مقارنة بسلفها FASTCC.
تدمج هذه الدراسة نموذجاً حاسوبياً ميكانيكياً مع بيانات مستمدة من الكائنات الحية لتثبت أن تكيف الأورام مع البيئة الدقيقة للعظام ينقل الاعتماد من عوامل النمو المشتقة من العظام إلى التكاثر الذاتي، مما يجعل العلاجات التي تستهدف الخلايا الهادمة للعظام فعالة فقط ضد الأورام غير المتكيفة بينما تفشل في السيطرة على المتغيرات المتكيفة مع العظام.
تقدم هذه الورقة BIRDkiss، وهو إطار عمل نمذجة جديد مفتوح المصدر يعتمد على لغة R يدمج مبادئ ميزانية الطاقة والسمية الحركية والسمية الديناميكية المبسطة للتنبؤ بكيفية تفاعل المبيدات الحشرية وتوافر الغذاء للتأثير على نمو الطيور وتكاثرها، مما يعزز الصلة البيئية لتقييمات المخاطر البيئية.
تقدم الورقة البحثية mCanonicalTockySeq، وهو إطار عمل على مستوى الأنظمة يدمج تاريخ الإشارات القائم على المؤقت الفلوري مع تسلسل الحمض النووي الريبي أحادي الخلية لبناء فضاء حالة تطوري-زمني مرتكز تجريبياً، مما يتيح تحليل ديناميكيات نضج الخلايا التائية والإسقاط عبر الأنواع للترانسكريبتومات التيموسية البشرية على مرجع فأري.
تقدم الورقة البحثية MICA، وهي خوارزمية للكشف عن نقاط التغير القائمة على النموذج، تجمع بين التقسيم الثنائي والخوارزمية الجينية لتحديد التحولات الهيكلية في الأنظمة الديناميكية القابلة للمحاكاة من خلال تقليل الفروقات بين محاكاة النموذج والبيانات المرصودة.
تُعد منهجية GenETop منهجية مبتكرة تدمج تحليل تباين التدفق، ومقاييس طوبولوجيا الشبكة، والبيانات النسخية لإنشاء نماذج أيضية واسعة النطاق على مستوى الجينوم خاصة بالسياق، وتظل قابلة للتنفيذ ديناميكياً وفعالة حاسوبياً لدراسة العمليات الأيضية المعتمدة على الوقت.
من خلال دمج تعلم الآلة القابل للتفسير مع بيولوجيا الأنظمة، تتغلب هذه الدراسة على قيود عدم التوازن الارتباطي لفك شفرة خرائط النمط الجيني-النمط الظاهري المعقدة في الخميرة، حيث نجحت في تحديد الجينات المسببة، والتحقق من التأثيرات متعددة الأنماط، والكشف عن وظائف بيولوجية جديدة مثل دور PDR8 في سلامة جدار الخلية.
تقدم هذه الورقة إطار عمل مرن يستخدم المشفرات التلقائية الالتفافية لربط بيانات التصوير التجريبية ومخرجات النماذج القائمة على الوكلاء في فضاء كامن مشترك، مما يتيح التحسين الكمي لمعلمات النموذج لإعادة إنتاج السمات المكانية المعقدة للأورام بدقة عبر وسائط متنوعة.
تستخدم هذه الدراسة النمذجة الهيكلية التكاملية التي تجمع بين مطيافية الكتلة بالارتباط التشابكي وAlphaFold لتوضيح آليات تجميع HDAC1/2 ضمن معقدات NuRD وSIN3 وCoREST، كاشفةً أن النطاق الطرفي الكربوكسيلي غير المنظم ذاتياً لـ HDAC1 ينطوي إلى حلزونات ألفا عند تشكل المعقد.
من خلال تطبيق إطار عمل للترانسكريبتوميات المكانية المدركة للجريبات على أنسجة الغدة الدرقية البشرية، كشف الباحثون أن التباين الظهاري يتنظم أساساً من خلال مقايضة بين الإجهاد والوظيفة بين الخلايا الدرقية النشطة المنتجة للهرمونات وخلايا الاستجابة للتلف المتجمعة مكانياً، بدلاً من التباينات في تخليق الهرمونات.