📄 systems biology

Exercise modulation of the alternative splicing landscape in human tissues

تكشف هذه الدراسة أن تمارين التحمل والمقاومة الحادة تُحدث أنماطاً متميزة ومعتمدة على الوقت من التوصيل البديل عبر العضلات الهيكلية البشرية، والأنسجة الدهنية، والدم، وبشكل مستقل إلى حد كبير عن تغيرات التعبير عن الحمض النووي الريبوزي (RNA)، مما يثبت أن التوصيل البديل التنظيمي يعد وسيطاً جزيئياً رئيسياً للاستجابات متعددة الأعضاء للنشاط البدني.

Zhang, Z., Nudelman, G., Pincas, H., Iyer, G., Smith, G. R., Keshishian, H., Jin, C. A., Trappe, S., Katz, D. H., Burant (…)2026-03-04
📄 systems biology

Why Boolean network control tools disagree: a taxonomy of control problems

تتناول هذه الورقة عدم الاتساق بين أدوات التحكم في الشبكات البولينية من خلال اقتراح تصنيف لمشكلات التحكم، وتطوير إطار عمل للمقارنة تجريبياً بين حلولها، وتقديم مقياس متسق التغطية لتحديد أولويات التدخلات الجينية الفعالة للأنماط الظاهرية المرغوبة.

Biane, C., Moon, K., Lee, K., Pauleve, L.2026-03-03
📄 systems biology

STRESS HISTORY ESTABLISHES A TRANSIENT TOLERANT STATE THAT SHAPES ANTIBIOTIC SURVIVAL UPON RESUSCITATION

تكشف هذه الدراسة أن تاريخ الإجهاد السابق يستحث حالة تحمل عابرة في الخلايا البكتيرية التي تستعيد نشاطها، مما يعزز بشكل كبير بقاءها على قيد الحياة ضد مضادات البيتا-لاكتام ويدفع نحو نمو سكاني سريع، وبالتالي يقدم إطاراً جديداً لتحسين استراتيجيات جرعات المضادات الحيوية.

Abbott, K., Hardo, G., Li, R., Bradley, J., Zarkan, A., Bakshi, S.2026-03-03
📄 systems biology

Generalized Morphogenesis Theory: A Flow-Inertia Modeling Framework for Cross-Scale Dynamics of Dissipative Structures

تقترح هذه الورقة نظرية التخلق الشامل (GMT)، وهي إطار نمذجة تدفق-عطالة مستقل عن المجال يوحد الديناميكيات التخلقية عبر المقاييس المختلفة — من نمو المحاصيل إلى النسخ الجزيئي — تحت مبدأ بنيوي واحد، كاشفةً عن ديناميكيات ضربية متسقة، وثوابت عطالة مُثبتة، و12 نمط تصميم معياري يحكم انتقالات الأنظمة المتبددة.

Iwao, T., Kimura, Y., Iida, T.2026-03-02
📄 systems biology

The Potential Effect of Vitamin D Supplement on Selected Coagulability Predictors in Vape-Exposed Female Rats

تُظهر هذه الدراسة أنه في حين يؤدي التدخين الإلكترضني إلى حدوث التهاب حاد واختلالات في التجلط لدى الإناث من الجرذان، فإن المكملات الغذائية بجرعات عالية من فيتامين (د) تخفف بشكل كبير من هذه الآثار الضارة على مؤشرات الدم وعلم أمراض الأعضاء، مع تقليل مستويات النيكوتين والكوتينين أيضاً.

Hammad, A. M., Abu Samak, M., Abu Farha, R., Alzaghari, L. F., Alqudah, A., Malaeb, D., Shnewer, K. R., Hallit, S., Bara (…)2026-02-27
📄 systems biology

Structural and Metabolic Characterization of Ni(I)-inhibitors Provide a Robust Anti-Methanogenicity Scoring System

تضع هذه الدراسة نظام تسجيل قوي ومتعدد المقاييس لمكافحة إنتاج الميثان من خلال توضيح التفاعلات الهيكلية والديناميكية الحرارية بين المثبطات والعامل المساعد F430 المحتوي على النيكل (I)، مما يتيح التجميع الوظيفي للمستقلبات والتصميم العقلاني لمركبات تقلل بفعالية من انبعاثات الميثان في الكرش دون تعطيل عملية التخمر.

Aryee, R., Zargar, M. R., SR, V., B, A., Dey, S., Mohammed, N. S., Sanjeevan, K. A., Frazier, N. A., Koziel, J. A., Beck (…)2026-02-27
📄 systems biology

CellSwarm: LLM-Driven Cell Agents Recapitulate Tumor Microenvironment Dynamics and Sense Indirect Genetic Perturbations

تقدم الورقة البحثية CELLSWARM، وهو إطار عمل مبتكر يستبدل القواعد التقليدية المبرمجة يدويًا بوكلاء خلايا ذاتيين مدفوعين بالنماذج اللغوية الكبيرة (LLM) لإعادة محاكاة ديناميكيات البيئة الدقيقة للأورام بدقة، مع تمكين فريد للتعميم عبر أنواع السرطان المختلفة، والتنبؤ بالاستجابة للعلاج السريري، وكشف الاضطرابات الجينية غير المباشرة.

Meng, X., Wang, T., Dong, Z., Li, X., Cui, X., Wang, L.2026-02-26
📄 systems biology

What microbes want: exploring microbial substrate preferences with the Web of Microbes Agent

تقدم هذه الورقة "شبكة وكلاء الميكروبات" (Web of Microbes Agent)، وهو نظام مستقل يدمج نموذج الترتيب الشخصي البايزي، ونموذج نمو، ونموذج لغة كبير للتنبؤ بدقة وتنسيق تفضيلات الركيزة البكتيرية لتطبيقات في هندسة الميكروبيوم والاستزراع.

Northen, T. R., de Raad, M., Kosina, S. M., Andeer, P. F., Novak, V., Biggs, B., Peng, H., Paulitz, T., Arkin, A. P., Lo (…)2026-02-24
📄 systems biology

A Fine-Tuned Phosphatidylinositol Profile Contributes to Colonocyte Differentiation and Malignization: Evidence From Integrated Omics

من خلال دمج البيانات النسخية والليبيدية، يكشف هذا البحث أن ملفاً تعريفياً محدداً للفوسفاتيديل إينوسيتول مدفوعاً باستقلاب حمض الأراكيدونيك يعد ضرورياً لتمايز الخلايا القولونية السليم، في حين أن اختلاله والتحول الناتج عنه نحو أنواع الأحماض الدهنية أحادية عدم الإشباع في الأورام يسلط الضن على آلية حرجة تكمن وراء التسرطن القولوني.

Maimo-Barcelo, A., Bestard-Escalas, J., Perez-Romero, K., Martin-Saiz, L., Muncunill-Fortuny, J., Crespi, C., Martinez (…)2026-02-22
📄 systems biology

Multi-Omics Mapping of Human Kidney Reveals Complement-Mediated Cellular Dynamics During Progression of Focal Segmental Glomerulosclerosis

من خلال دمج نهج الأوميكس المتعددة على خزعات الكلى البشرية، توضح هذه الدراسة كيف يؤدي خلل التنظيم بوساطة المتممة في الخلايا القدمية والخلايا الظهارية الجدارية إلى إصابة كبيبات الكلى والتليف في التصلب الكبيبي القطعي المترقي، مما يكشف عن أهداف محتملة للتدخلات النوعية حسب المرحلة.

Hayashi, S., Takeuchi, M., Nakano, T., Setoyama, D., Singh, S. A., Sonawane, A. R., Iwamoto, T., Kishimoto, H., Tsuchimo (…)2026-02-20